顺治初，临济宗32世宗师古镜宗符，从福建漳州游方到广州，参谒西来庵时，为庵主大慈素端（1602-1664）极力挽留，要他担负起重光祖庭的重任，加上当地名士豪绅程可则、王念初、梁佩兰、陈恭尹诸公呈词恳请,乃应允主持重建工作，发动海内外信众踊跃捐资，把古庵改建成一座禅宗大寺院；据元觉撰《华林禅寺开山碑记》，当年，宗符禅师“爰拓基址，定方隅，引河流为功德水，植材木为祗树园，首建大雄宝殿，次及楼阁堂庑寮室庖逼，无不圆成。”顺治十二年(1655)，
　　顺治帝赐榜曰“华林禅寺”；其弟子离幻之海即元觉禅师,继领丈席后，再接再励营建十年，一座规模宏大的十方丛林于西关拔地而起，其范围大概是北起今兴华大街，南靠下九路，东至西胜街，西邻毓桂坊，占地面积三万多平方米；此后，寺内僧侣云集，从海内外来参学者络绎不绝，四方香客如潮涌来，香火十分旺盛。顺治十七年(1660)；顺治帝再恩赐22颗佛舍利子给华林禅寺供奉；四十年之后，康熙帝明谕华林禅寺特建舍利殿和舍利塔安奉22颗佛舍利；康熙四十年(1701)农历七月，华林禅寺举行隆重的舍利殿和佛舍利子安奉仪式。由于奉御旨供奉佛舍利子，极大地提高了华林禅寺的地位和威望，不仅使该寺成了广州禅宗丛林之首，还有力促进了中外友好往来。