位于山南扎囊县，是宁玛派在前藏的主寺，由居美多杰创建于17世纪中叶。寺院坐西朝东，四面群山环抱，山青水秀，环境十分优美。面积约10万余平方米，围墙为多边形。寺内主要建筑为祖拉康佛殿，坐西向东，高三层。底层为大经堂，面阔五间，进深六间，内有20根方柱，其中有两根高5.5米的林柱通向二层。

　　经堂有一护法神殿，门框、门楣上绘有很多人头，殿内墙壁上也绘满了护法神像。这些神像全是多头多臂，面目狰狞，看后使人毛骨悚然。供奉这类佛像是宁玛派寺院和密宗扎仓的一大特点。按藏传佛教的解释，这些威赫忿怒的护法神灵，是寺院防御敌人和恶魔的守卫者，被称为“护法神”。从艺术角度说，这类造型粗旷、夸张的神灵形象，是西藏密宗艺术的表现，与原始苯教艺术有着密切的关系。祖拉康二层中间为天井，周围有五座小佛殿和一些僧舍。三层有两个佛殿，其中一个绘有宁玛派历代著名的喇嘛像。敏珠林寺最大的佛殿是桂花康，底层经堂进深7间，面阔7间，为两层建筑。

　　敏珠林寺注重研习天文历算、医学，并以文字书法优美而著称。按以往习惯，由敏珠林寺选派精通历史、佛学、藏文和医学、历算的高僧，担任设在布达拉宫内的僧官教师，另一部分人则到门孜康负责研究历算和编写修订《藏历年表》。

　　敏珠林寺的僧人可以娶妻生子，在寺主的继承上以父子或翁婿传承，并不完全限定在父子血统关系上。敏珠林寺在研究宁玛派的历史、教义等方面，具有十分重要的地位。